然而，东部地区的外贸发展也存在着问题。东部地区过高的外贸依存度和过于集中的出口市场将会成为制约外贸进一步发展的因素，尤其当一些国家搞贸易保护主义时，会对国际贸易产生不利影响。许多发达国家和新兴工业化国家已经开始寻求通过绿色、技术、标准壁垒等非关税措施来保护本国产业。对此，外贸企业应加强对贸易伙伴非关税壁垒及贸易摩擦的关注，并学会在WTO的框架下通过WTO相关协议及条款来保护自己的利益。同时，政府外贸部门应给予相应的支持，如为企业提供咨询服务等，以此提高外贸企业的经营管理水平和抗风险能力，防止其他国家转嫁经济危机。
除此之外，对于那些以加工贸易为主的地区，也应开始考虑延伸加工贸易产业链。当前，加工贸易处于增长的低潮时期，这正是对加工贸易升级思考和实践的绝佳时机。鼓励和支持向研发、营销服务等上游产业链延伸以及发展生产性服务业具有积极意义。加大研发力度，促进企业从OEM向ODM和OBM转变，提高自主创新能力，形成自主知识产权，可以提高企业的利润率和话语权。同时，可以培养出一批高素质的研发人员，他们带来的产品附加值要远远大于劳动密集型环节的从业者。但同时要注意加工贸易升级的速度和节奏，要整合好现有资源，在没有具备人才、资本等生产要素聚集的情况下，应以稳定目前加工贸易企业发展为主，摆脱对传统加工贸易的路径依赖，不能操之过急。