如何实现义务教育九年一贯制的教育衔接，目前并无统一的模式。从实践探索来看，主要有以下几种模式。
第一，两段式。将九年一贯制分为“六三”学制和“五四”学制两种模式，学生从一年级至九年级，相继完成小学至初中教育，取消升学考试，学校实行统一的行政、教育、教学管理。2014年北京市推出的九年一贯制学校，其中一个显著特点是改变现在的“六三”学制，采用“五四”学制。“六三”学制是我国义务教育阶段的主导学制，得到了社会的普遍认同，但近年来一贯制学校逐渐推广的是“五四”学制。如东城区新组建的九年一贯制学校，都将实行“五四”学制，这是推广景山学校的做法。景山学校在几十年的办学过程中，已经形成了成熟的“五四”学制模式以及完善的教材体系，经过对景山学校学生成长及学业各方面的跟踪监测，可以看出“五四”学制多方面的优势。[19]
第二，三段式。将九年一贯制分为三个学段，具体来说，又有三种不同的划分方法：一是一至三年级为一个学段、四至六年级为一个学段、七至九年级为一个学段；二是一至四年级为一个学段、五至七年级为一个学段、八至九年级为一个学段；三是三段一体办学模式，如一至二年级实现幼小衔接、三至五年级体现“合格+特长”、六至九年级分解知识点完成小中衔接，防止择校生。